Menno Dekker begon zijn carrière in 1973 als balletpianist. Ook is hij actief als popmuzikant en klassiek pianist, vooral begeleidend. Hij studeerde cum laude af in de chemie in Amsterdam en promoveerde in Delft (1990). Intussen behaalde hij het diploma Theorie der Muziek aan het Sweelinck Conservatorium (1989), waarna hij docent werd aan de conservatoria van Amsterdam, Hilversum en Zwolle.

Menno Dekker was enige tijd mederedacteur van het Tijdschrift voor Muziektheorie. Hij geeft lezingen in Nederland en België over uiteenlopende onderwerpen, met name opera en de nieuwere muziek, en geeft masterclasses op het gebied van de praktische harmonie en het partituurspel.