Jörgen van Rijen studeerde bij George Wiegel aan het Rotterdams Conservatorium, waar hij zijn studie Uitvoerend Musicus afsloot met een 10 summa cum laude. Verder studeerde hij bij Michel Becquet aan het Conservatoire National Supérieur de Musique de Lyon, waar hij ook baroktrombone studeerde bij Daniel Lassalle. Daarnaast volgde hij diverse lessen en masterclasses bij autoriteiten als Christian Lindberg, Joseph Alessi, de fagottist Brian Pollard en de cellist Anner Bijlsma.

Naast zijn werk als solotrombonist van het Koninklijk Concertgebouworkest is Jörgen van Rijen een veelgevraagd solist in binnen- en buitenland. Hij gaf concerten en masterclasses in bijna alle Europese landen, de Verenigde Staten, Canada, Japan, China, Korea, Rusland, Singapore en Australië, en soleerde met vele orkesten en ensembles, waaronder het Koninklijk Concertgebouworkest, het Rotterdams Philharmonisch Orkest, het Czech Philharmonic Orchestra, het BBC Symphony Orchestra, het Taiwan Philharmonic Orchestra en het Nagoya Philharmonic Orchestra.

In 2004 ontving Jörgen van Rijen de Nederlandse Muziekprijs, de hoogste onderscheiding van het Ministerie van OCW. In 2006 kreeg hij de prestigieuze Borletti-Buitoni Trust Award, die jaarlijks wordt toegekend aan een aantal van de meest veelbelovende, internationale solisten en ensembles. Verder won Jörgen diverse prijzen, waaronder eerste prijzen op de internationale tromboneconcoursen in Guebwiller en Toulon.

Zijn speciale aandacht gaat uit naar het promoten van zijn instrument, het ontwikkelen van nieuw repertoire voor de trombone en het onder de aandacht van een groter publiek brengen van het bestaande repertoire. Er zijn vele nieuwe stukken voor Jörgen geschreven, waaronder een tromboneconcert van Theo Verbey in opdracht van het Koninkijk Concertgebouworkest, en stukken van Martijn Padding, Jacob ter Veldhuis, Kalevi Aho, Jan van Vlijmen en Florian Magnus Maier. In het voorjaar van 2017 speelde Jörgen de wereldpremière van een voor hem gecomponeerd tromboneconcert van James MacMillan, uitgevoerd met het Koninklijk Concertgebouworkest o.l.v. Ivan Fischer. In de toekomst volgt onder andereeen nieuw tromboneconcert van Trevor Grahl. Daarnaast is hij actief als kamermusicus in ensembles zoals het Nieuw Trombone Collectief, KCO Koper en Brass United. Ook maakt hij regelmatig deel uit van het Lucerne Festival Orchestra o.l.v. Claudio Abbado.

Jörgen van Rijen geeft les aan het Conservatorium van Amsterdam en is International Visiting Professor aan de Royal Academy of Music, Londen.