Na zijn opleiding als blokfluitist ontwikkelde Peter Van Heyghen zich tot een internationaal erkend specialist op het gebied van de uitvoeringspraktijk van 16de-, 17de- en 18de-eeuwse muziek. Hij treedt op als solist en met zijn kamermuziek-ensembles More Maiorum en Mezzaluna, maar is daarnaast ook bijzonder actief als ensembleleider/dirigent en docent.

Tien jaar lang was hij vaste dirigent van het Brusselse Barokorkest Les Muffatti. Sinds 2016 echter is hij vast verbonden aan het Belgische Barokorkest en Vocaal Ensemble Il Gardellino. Hij concentreert zich daarbij op de herontdekking van vergeten meesterwerken. Als blokfluitist en dirigent nam hij talrijke cd’s op voor labels als Accent, Eufoda, Opus 111, Passacaille en Ramée.

Als docent Cultureel Geïnformeerde Uitvoeringspraktijk is hij verbonden aan het Koninklijk Conservatorium Brussel en het Conservatorium van Amsterdam. Voorts wordt hij overal ter wereld regelmatig uitgenodigd als gastdirigent, voor het leiden van masterclasses en workshops, voor het geven van lezingen en het deelnemen aan debatten.