Marten Root is een internationaal vooraanstaand specialist op het gebied van het bespelen van historische fluiten uit de achttiende en negentiende eeuw. Hij is eerste fluitist bij de Nederlandse Bachvereniging en het Orchestre Révolutionnaire et Romantique van John Eliot Gardiner. Op de talloze opnamen van deze orkesten is hij te horen in repertoire dat reikt van Bach tot Debussy.

Zijn Ensemble Schönbrunn heeft gedurende vijfentwintig jaar een grote reputatie opgebouwd met het uitvoeren en opnemen van door Marten Root hervonden onbekend repertoire, de fluitconcerten van Mozart en alle belangrijke kamermuziekwerken voor traverso van Bach.

Marten Root is docent historische fluiten aan het Conservatorium van Amsterdam en professor aan de Hochschule für Künste in Bremen. Ook gaf hij masterclasses in Europa, de Verenigde Staten en Indonesië.