Martijn Hooning is sinds 1986 docent muziektheorie; eerst aan het Hilversums Conservatorium, direct na het voltooien van zijn studie in Keulen, en later ook aan het Koninklijk Conservatorium Den Haag. Sinds 1994 doceert hij muziektheorie aan het Conservatorium van Amsterdam, waar hij lesgeeft in een breed vakkenpakket: harmonie, analyse, gehoortraining en solfège, kamermuziek, nieuwe muziek, arrangeren en componeren.