Jos Zwaanenburg studeerde fluit en compositie aan het Sweelinck Conservatorium in Amsterdam, waar hij in 1985 met onderscheiding afstudeerde. Een jaar daarvoor was hij een van de prijswinnaars op het internationale Gaudeamus Vertolkers Concours, waar hij een eervolle vermelding kreeg voor zijn uitvoering van zijn eigen werk.

Jos trad op door heel Europa, de Verenigde Staten, Zuid-Amerika, India, Rusland en Japan, als solist en als lid van kamermuziekensembles en orkesten, met een repertoire variërend van klassieke tot geïmproviseerde muziek. Ook werkte hij mee aan vele radio- en tv-opnamen.

Jos is bekend om zijn onderzoek naar nieuwe speeltechnieken voor de fluit, waarin hij zijn belangstelling voor theater, compositie en live electronics combineert. In 1986 en 1987 ontwikkelde hij samen met de Nederlandse fluitbouwers Eva Kingma en Dirk Kuiper de altfluit met open kleppen.

Jos Zwaanenburg is docent aan het Conservatorium van Amsterdam, waar hij live electronics en de cursus Hedendaagse muziek door niet-westerse technieken geeft. Ook is hij als onderzoeker verbonden aan de Oxford Brookes University.